Kariye Kilisesinin günümüze ulaşmış hali Osmanlı döneminde 20. yüzyılın ikinci yarısında geçirdiği onarımların sonucudur. Daha önceleri kilise çevresinde manastır da ihtiva etmekteyken bu yapılar geçen zamana dayanamamışlardır. İlk önce manastır olarak 534 yılında Justinianus döneminde yapılmıstir. 11. yüzyılda yeniden inşa ettirilmiştir. 1204-1261 yıllarındaki Latin istilasinda harap olan manastır, 14. yüzyılda onarılmıştır. Yapı, 1296’daki büyük depremden sağ olarak çıkmıştır. Bina Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u fethinden sonra 1511 yılında camiye tevdi edilmiştir. 1948'den 1958'e kadar yapılan çalışmalar sonucunda tüm mozaik ve freskler ortaya çıkarılmıştır. Yapı 1948’den bu yana da “Kariye Müzesi” olarak hizmet vermektedir. Fetihten sonra camiye sadece köşesindeki minare ve içerde güneydoğu köşesindeki mihrap eklenmiş ve orjinalliğinin korunmasına çalışılmıştır. Türkiye'deki eski kiliseler arasında, içinde en fazla mozaiğe sahip olanıdır.