Elmalı Kilise küçük bir mağara kilisesidir. MS 1050 yılı civarında inşa edilmiştir. Dört haç şeklinde yapılmıştır. Bu kilisenin restorasyonu 1991 yılında tamamlanmış ama fresklerin bozularak dökülmesine engel olunamamıştır. Bu kilisede azizleri, rahipleri ve Hristiyan şehitlerini anlatan sahneler bulunmaktadır. Ayrıca kilisede Yunanca balık anlamına gelen ΙΧΘΥΣ harflerinden oluşan balık resimleri bulunmaktadır. Kilisenin ismindeki elmanın resmedilen melek Mikâil’in elindeki elmadan veya civardaki çok büyük bir elma ağacından geldiği sanılmaktadır.